A. SIGAYRET – ISIMA :
Stage d'initiation à la recherche en 3e année ISIMA, 2000-2001
Stages d'initiation à la recherche en 3e année
d'ISIMA
Sujet 2000-2001 :
Participer a la conception et a la réalisation d'un modèle informatique
simulant l'expression génique.
Si plus de 9000 gènes humains ont déjà été identifiés et séquencés,
on est loin de connaitre leurs rôles ni leurs interactions. Une telle
connaissance est pourtant fondamentale, notamment dans le domaine
médical où elle permettrait de grandes avancées dans la compréhension
du mécanisme tumoral et dans son traitement.
Les progrès techniques les plus récents permettent, grâce aux biopuces, de
mesurer l'activité d'un ensemble de gènes dans une cellule.
Par l'étude différentielle de ces expressions géniques entre des cellules
saines et des cellules tumorales d'un même tissu, on espère déterminer les
relations entre les gènes. Les informaticiens notre université ont été
sollicités dans ce sens.
Une première voie, basée sur différentes techniques informatiques, tente
d'analyser les résultats des biopuces pour tenter d'extraire directement des
relations valides entre les gènes.
Une deuxième voie, basée sur les techniques de simulation et de
modélisation, cherche a reproduire artificiellement l'activité d'un
ensemble de gènes en interaction dans une cellule.
C'est dans cette deuxième voie que s'inscrit ce sujet.
Dans un premier temps : concevoir un automate simple, fonctionnant comme un
automate cellulaire mais basé sur une structure théorique de graphe valué
dont nous disposons déjà.
Dans un second temps, choisir entre deux directions :
- soit programmer ce modèle en Java (ou C++,...) et continuer le travail
sous forme expérimentale en modifiant les paramètres de la simulation.
- soit continuer l'approche théorique en affinant le modèle dans une
direction graphiste (on peut alors aboutir a une étude très abstraite
en théorie des graphes).
2001 – A. Sigayret